金馬撤軍是中華民國的軍隊從金馬地區撤出，讓它成為非軍事化的中立區；金馬撤守是指中華民國放棄對金馬的主權與治權，讓金馬舉行公投決定自己的歸屬。
在國共內戰的最後階段，蔣介石在東南沿岸擁有一些離島，但在共軍步步進逼下，有些島嶼，例如大陳島，就在美國軍艦協助下島上軍民大部分撤退至台灣。
當時，最大的爭議在金門、馬祖。美國希望蔣介石放棄金馬，因為防守成本太高，風險太大，而將兵力集中在台灣、澎湖。後來簽署的美蔣共同防衛條約，美軍協防的範圍並未包括金馬。
美國希望蔣介石撤守金馬的立場，自1949年以來，一以貫之。但蔣介石著眼金馬的政治意涵，包括與中國大陸的連結，以及所謂金馬是「反攻大陸的跳板」，因此不論任何代價與風險，都要在金馬佈下重兵。另一方面，毛澤東對金馬可有可無的態度卻令人玩味。據稱，他曾在一次內部會議中比喻，金馬就像台灣的兩顆睪丸，沒有拿下之前，隨時捏一下，台灣就會很痛。
隨著兩蔣與毛澤東時代過去，金馬何去何從？備受矚目。國民黨在金馬問題上似乎沒有特定立場；而前民進黨主席施明德卻提出「金馬撤軍論」，也有獨派人士予以呼應，內在的思維是︰不是台灣的，就歸還給中國。至於金馬地區民眾，其實也有很多主張舉行公投決定歸屬，或者主張成為一國兩區的實驗區。
賴清德就職第四天，中共就宣佈將在台灣、金門，馬祖週邊舉行軍演，對台獨勢力進行強力懲戒。台灣與中國緊張關係似乎無解，此際金馬何去何從，似應得到更充分的討論。
