陸生團學生復旦大學大四生宋思瑤日前受訪時，被媒體問及對於台灣拿下棒球12強冠軍的看法時，他表示，「代表師生訪問團向『中國台北隊』獲得世界冠軍表示祝賀，並希望『大陸和台灣同胞』可以像中信兄弟的brothers一樣，一起為祖國在棒球領域更上一層樓。」此說法一出，引起軒然大波。
對此，邱垂正4日於立法院受訪時回應，政府原本推動對等尊嚴、健康有序的兩岸交流，在相互尊重、充分交流之下，希望能夠讓兩岸關係注入一些善意。但此交流團有很多涉及，不管是矮化台灣、或者是原本承諾不發表活動之外，還有與活動無關的政治性言論與宣傳，這部分所造成的社會不安，「我們深表遺憾。後續會依照既有機制，進一步進行行政處分。」
邱垂正指出，馬英九這個團「涉及到違反大陸人士來台的許可辦法」，以及馬英九基金會在行前就有書面聲明內容，均沒有按照書面內容來遵守。
對於陸委會的說法，馬英九辦公室執行長蕭旭岑則相當不以為然，回嗆「我們完全沒有違反任何條款」、「不發表與活動無關政治性言論宣傳，不有矮化我方行為用語，如果有違反就立即停止行程，他們沒有停止我們行程啊！代表我們沒有違反（規定）。」
